利用Mascot程序与家蚕EST数据对质谱数据进行鉴定

摘要

[目的]研究和检验利用Mascot程序与家蚕EST数据解析质谱分析的结果,鉴定目标蛋白的方法.[方法]将家蚕5龄起蚕中肠总蛋白进行二维电泳分离,并运用质谱对80个蛋白点进行肽指纹图谱分析,利用Mascot程序和经自主编制软件Transeq翻译的EST序列数据库对所得质谱数据进行鉴定.[结果]鉴定出其中41个蛋白,并利用EST电子克隆在其余39个蛋白中得到19个蛋白的全长或较长cDNA.[结论]本文提出的利用家蚕EST数据来解析家蚕蛋白质谱结果的方法,能够鉴定仅利用公共数据不能鉴定的蛋白,并能鉴别基因可变剪接后产生蛋白异形体的问题.