尖镰孢EST-SSR信息分析及分子标记建立

摘要

[目的]探讨尖镰孢(Fusarium oxysporum)表达序列标签(expressed sequence tag,EST)序列中简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点的分布特点,开发尖镰孢EST-SSR引物,为镰孢菌遗传多样性分析提供技术支持.[方法]从NCBI公共数据库下载尖镰孢EST 9 304条,利用SSRIT软件查找SSR位点,Primer Premier 5.0软件设计EST-SSR引物,用非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳分离SSR-PCR扩增产物,并选用能够扩增出与预期产物大小一致且具有多态性的引物,对2 3株尖镰孢菌株进行SSR遗传多样性分析.[结果]在尖镰孢EST序列中,共搜索到92个SSR位点,分布于90条EST序列中,出现频率为1.0％.其中二核苷酸重复类型是最主要的SSR类型,占总SSR的比例为59.78％.其次为三核苷酸与五核苷酸重复类型,占总SSR的比例分别为17.39％、11.96％.出现频率最高的基序是(AC/GT)(0.51％).设计合成的30对引物中有20对(66.7％)能够有效扩增,其中14对引物(46.7％)能够扩增出与预期产物大小一致且具有多态性的产物.尖镰孢的遗传多样性分析结果表明,利用筛选出的14对引物扩增出62条条带,其中多态性条带59条,多态性位点比例为95.2％,平均每对引物可扩增4.2条.供试菌株间的遗传相似系数为0.487-0.933,平均为0.686.供试菌株间存在明显的遗传分化.聚类分析结果表明,当遗传相似系数为0.781时,除14号菌株外,所有菌株均根据寄主来源划分为不同的SSR类群.[结论]基于尖镰孢EST序列开发SSR标记是一种简便有效的方法,研究开发的14对引物可用于尖镰孢的遗传多样性分析.