半乳糖凝集素-3在骨关节炎中作用的生物信息学分析

摘要

cqvip:目的:利用生物信息学方法分析半乳糖凝集素-3(gal-3)在骨关节炎中的作用机制。方法:从GEO数据库中下载经gal-3处理的骨关节炎软骨细胞芯片,寻找芯片表达谱的差异基因并对其进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析以及疾病富集分析。此外,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建差异基因蛋白互作网络,寻找网络结构中的核心基因。结果:共筛选出474个差异基因,其中包含246个上调的基因与228个下调的基因。GO富集分析结果表明,差异基因主要富集的生物学过程有骨髓白细胞迁移、白细胞趋化等;主要富集的细胞组分有细胞外基质、蛋白质细胞外基质等;主要富集的分子功能有细胞因子活性、趋化因子活性等。KEGG通路富集分析结果发现,差异基因主要涉及的通路有肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素-17信号通路等。疾病富集分析结果提示,差异基因主要富集的疾病有关节病、肺疾病、莱姆关节炎等。差异基因蛋白互作网络在Cytoscape软件共找出10个核心基因。结论:骨关节炎软骨细胞在gal-3作用下,可能通过上调白细胞介素-6等相关基因的表达在骨关节炎的进展中发挥重要作用。