猪δ冠状病毒西安株M基因序列的信息分析

摘要

cqvip:为研究猪δ冠状病毒(PDCoV)西安株M基因的遗传特征,以分离并鉴定的PDCoV西安株(CHN-XA18-35株)为材料,根据GenBank中已发表的PDCoV M基因保守序列设计引物,经RT-PCR扩增PDCoV西安株M全基因序列并测序,应用生物信息学方法对M基因进行分析。结果显示,CHN-XA18-35株M基因序列与其他地区PDCoV参考株的核苷酸同源性为98.47%~99.54%,推导的氨基酸序列同源性为97.24%~99.08%;CHN-XA18-35株与其他地区PDCoV参考株相比,M蛋白第189位氨基酸由异亮氨酸(IIe)突变为精氨酸(Arg);CHN-XA18-35株M蛋白的10-27、34-56、66-87位氨基酸属于跨膜区;跨膜区氨基酸多为疏水性氨基酸,且存在α-螺旋;潜在的B细胞抗原表位位于M蛋白的102-107 aa(LSPESR)、149-158 aa(NGISVRNPPQ)、200-209 aa(LHTITTSKAG)。结果表明,CHN-XA18-35株M蛋白第189位氨基酸发生了突变,其B细胞抗原表位与其他PDCoV株相比未发生改变。