鸭黄病毒安徽分离株NS5基因部分片段的克隆和序列分析

摘要

为研究鸭黄病毒安徽分离株遗传变异情况,通过RT-PCR获得了鸭黄病毒(Duck flavivirus)安徽分离株NS5部分基因序列DFV-NS5-1,并将该序列与GenBank数据库中登录的9条NS5基因相应序列进行比对分析.同源性分析发现克隆获得的DFV-NS5-1与国内近年来分离的黄病毒属恩塔亚病毒群的鸭坦布苏病毒基因序列同源性较高,均为98％以上；而与国外鸭坦布苏病毒NS5的EU303233基因序列的同源性相对较低,为88.5％.此外,与虫媒黄病毒属的西尼罗病毒、圣路易脑炎病毒和罗西奥病毒NS5的AF481864、EU090146和AY632542基因序列的相似度最高为74.5％.进化分析表明,DFV-NS5-1与来自于国内毒株的JQ289550、JQ314465、JF895923、JF523187和JF232077亲缘关系较近,具有共同的进化祖先,而与虫媒黄病毒属的西尼罗病毒、圣路易脑炎病毒和罗西奥病毒的遗传距离则较远.