基于18S和ITS-5.8S rDNA基因序列的白色霞水母(Cyanea nozakii)的分子鉴定与检测

摘要

采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾海域的白色霞水母(Cyanea nozakii)螅状体、碟状体及水母体的18S以及ITS-5.8S rDNA序列,同时利用GeneBank数据库中已有同源序列对其进行序列分析及系统分析.结果显示,白色霞水母3个个体的18S和ITS-5.8S rDNA序列完全一致.白色霞水母样品的ITS-5.8S rDNA序列与GenBank中未知真核生物的序列高度相似(≥99％),推测该物种可能是早期发育阶段(卵、浮浪幼虫或碟状体)的白色霞水母样品.霞水母属不同种间18S rDNA序列经比对后同源序列长度为1709bp,多态位点数33个;比对后ITS1同源序列长度为368bp,其中变异位点203个,简约信息位点数178个,单变异位点21个.基于18S rDNA基因序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0、0.008,而基于ITS1序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0.019、0.284.基于ITS1的种间遗传距离是种内遗传距离的15倍,适合于进行物种鉴定.NJ系统树的结果也表明同种的不同个体各自聚枝,其聚类结果大致与形态分类吻合.研究表明, ITS基因片段在霞水母不同种间变异较大,更适于大型水母种类鉴定、检测及属内种间水平的系统进化研究.