基于前缀标识符及其位置的DNA序列比较

摘要

分子序列比较是生物信息学中最基本、最主要的问题,DNA序列相似性分析是研究的重要的课题。非比对方法是研究序列比较的方法之一,它克服了比对方法的局限,其计算速度更快。本文从前缀标识符位置角度出发,利用信息熵,提出了序列分析的非比对方法。本文通过对生物序列构建前缀树,得到生物序列前缀标识符的基础上,以两两序列的共同前缀标识符为研究对象,提取它们在序列中位置信息,将它们的位置差的绝对值看成随机变量,利用信息熵,提出新的DNA序列相似性度量方法,建立有效的模型。将70个哺乳动物的线粒体DNA序列作为实验数据集,应用该模型得到的相似性距离构建生物进化树。该进化树的分类结果符合当前的生物学分类标准。