人N-甲基-D-门冬氨酸受体主亚基受体激活相关多肽的理化特性与抗原性分析

摘要

目的分析人N-甲基-D-门冬氨酸受体(NMDAR)主亚基NR1a上两个受体激活相关多肽P1、P2的抗原性及其理化特性.方法用GOLDKEY软件从蛋白质数据库中调出人NR1a分子的氨基酸序列,分别在其第一、第三跨膜域前后逆向、顺向截取151和144个氨基酸长度的多肽片段P1与P2,选取Hopp ＆ Woods与Kyte亲水性、Janin表面可及性、Karplus-Schulz主链柔韧性及Welling抗原性等参数予以多参数分析,采用Prosite程序与Chou-Fasman方法比较其氨基酸位点与二级结构特征,以此为基础综合判定P1与P2片段的抗原位点并与已有的实验结果相比较.结果 P1、P2多肽片段上可能分别有6和7个8～15 aa长序列具有良好的抗原性.P1相关序列主要分布于其氨基端,与配体结合关键氨基酸残基相距较远.P2上的相关序列分布较均匀,包含有受体激活重要相关位点或与配体结合关键氨基酸残基距离较近.P2片段的总体抗原性、亲水性与可及性均强于P1,尤以其近膜的15个残基为著.P1、P2多肽片段均含有一定数量的β-转角,但P1片段含有较多的半胱氨酸残基和无规卷曲,而P2片段则含有较多的芳香族残基并以α螺旋结构为主.结论人NMDAR主亚基NR1a上的两个受体激活相关多肽P1、P2均具有一定数量的抗原位点,与P1相比较,P2可能更易成为NMDAR免疫干预的分子靶点.