刺五加Actin基因cDNA全长序列的克隆与生物信息学分析

摘要

目的:克隆刺五加Actin基因的全长cDNA序列,并对其进行生物信息学分析。方法:以刺五加的叶片为材料,提取总RNA,逆转录为cDNA,根据初步克隆到的刺五加Actin基因保守序列设计引物,利用套式PCR进行3'和5'RACE扩增,得到Actin基因的3'和5'端cDNA序列片段,拼接获得cDNA全长。将该序列进行BLAST比对、相似度分析,并对刺五加Actin1蛋白的二级结构和三级结构进行预测。结果:刺五加的Actin基因全长1 507 bp,命名为ESActin1,注册号KC469585。该基因开放阅读框(ORF)长1 134 bp,编码377个氨基酸,5'端非编码区长140 bp,3'端非编码区长233 bp。ESActin1与GenBank中注册的其它植物肌动蛋白核苷酸序列的相似性在75%以上,蛋白质序列的相似性在94%以上。结论:首次报道了刺五加Actin基因的全长cDNA序列,为刺五加的分子生物学研究奠定基础。