SEN病毒中国分离株基因克隆及序列分析

摘要

目的:测定SENV-D亚型中国分离株的基因组序列,并对其进行初步分析.方法:根据国外已发表的SEN病毒基因序列设计特异性引物,应用套式PCR方法从一份非甲-非戊型(non-A-E)肝炎患者血清中,分段扩增了包括SENV-D型所有编码区(ORFs)长3175bp的DNA片段,将其克隆到T载体后测序.结果:测序结果经BLAST软件分析,与国外发表的3株D型SEN病毒SENV-D(AX025730),SENV-D(AB059352),TTV(AB028668)的核苷酸序列同源性分别为90%,88%和91%;与2株D型SEN病毒SENV-D(AX025730),TTV(AB028668)ORF1所编码蛋白的氨基酸同源性分别为93%和92%.ORF1蛋白中含有Rep蛋白(在病毒复制中起作用的一种蛋白)的两个保守基序,此外还有一个保守的ATP/GTP结合基序(P-loop)以及若干个高度保守的蛋白激酶磷酸化位点.结论:测定得到了SENV-D亚型中国分离株的基因组序列,有助于其检测方法及致病性的研究,并为研究SEN病毒的进化地位提供方便.