基因芯片结合可环化探针对单碱基突变的检测

摘要

目的 :将基于连接反应的可环化探针 （circularizableoligonucleotideprobe ,C probe）技术用于基因芯片对单碱基突变的检测。方法 :可环化探针是一种检测核酸分子中单碱基突变的线性寡核苷酸分子 ,中间部分是通用引物结合区 （约 4 0mer） ,5′端与 3′端是两段与待检测的DNA分子中靶序列互补的目标序列识别区 （各约 2 0mer）。与靶序列互补结合后 ,可环化探针的两个末端在空间靠近并在DNA连接酶的作用下连接形成环状分子 ,利用荧光分子标记的通用引物对连接产物进行PCR扩增 ,再利用基因芯片检测荧光标记的PCR产物 ,从而确定所检测的核苷酸位点的性质。本实验以检测CYP3A4基因外显子 5中 14 0 2 6位点的单核苷酸多态性为例 ,优化了连接反应、荧光标记通用引物的PCR扩增以及探针杂交检测等条件 ,并用该方法对合成模板和人基因组DNA标本进行检测。结果 :以合成的寡核苷酸序列为模板进行 10倍系列稀释 ,确定可环化探针的检测灵敏度 ,PCR产物的凝胶电泳结果表明 ,检测灵敏度达到 10 3 拷贝 ;可环化探针对合成的野生型和突变型模板具有良好的区分效果。用该方法检测人基因组DNA标本 ,芯片检测结果与测序结果符合 ,证实了该方法的可行性。结论 :连接反应是最具特异性的酶促反应 ,将其与基因芯片技术结合用于单碱基