基孔肯雅病毒WJ0601株基因组全序列测定及分析

摘要

目的 对保存的基孔肯雅病毒WJ0601株基因组序列进行测定,并阐明该病毒与已报道毒株序列的关系.方法 对基孔肯雅病毒基因组编码区分14段进行RT-PCR扩增,对非编码区采用RACE法进行扩增,将扩增产物直接进行测序,应用DNAStar软件将测序结果拼接得到基因组序列.结果 与结论基孔肯雅病毒WJ0601株基因组核苷酸共11 826 nt,编码3722个氨基酸,其中5′端的2/3基因组编码4种非结构蛋白nsP1、nsP2、nsP3和nsP4;3′端的1/3基因组编码5种结构蛋白C、E3、E2、6K和E1蛋白.结构基因和非结构基因之间有68 nt的连接区为非翻译区.病毒基因组5′端和3′端分别有76 nt、526 nt的非编码区.序列同源性分析结果表明,此株病毒与S27-African株的同源性最高,两者核苷酸序列同源性为99.9%,氨基酸序列同源性为99.8%,同属于(ESCA)基因型.