一株稀有海洋真菌Stachybotrys longispora FG216的De Novo测序及基因组学分析

摘要

[背景]长孢葡萄穗霉菌(Stachybotryslongispora)FG216是一株稀有海洋真菌,其次生代谢产物FGFC1具有纤溶活性.进行S.longisporaFG216的基因组序列分析,将充实和促进海洋微生物功能基因和次生代谢产物合成生物学的基础研究和应用研究.[目的]解析S.longispora FG216的基因组序列,分析基因组生物功能和同源相似性关系,分析次生代谢产物纤溶活性化合物FGFC1的相关基因.[方法]基于Illumina HiSeq高通量测序平台对S.longispora FG216菌株进行De Novo测序,使用SSPACE、Augustus等软件进行组装、编码基因预测、基因功能注释、物种共线性分析以及预测FGFC1次生代谢产物合成基因簇.[结果]S.longispora FG216的基因组测序总长度为45 622 830 bp,共得到605个Scaffold,GC含量为51.31％,注释预测得到13 329个编码基因和169个非编码RNA.基因组测序数据提交至国家微生物科学数据中心(编号为NMDC60016264),其中13 053、8 422、8 460、7 714和2 847个基因分别能够在NR、KEGG、KOG、GO和CAZy数据库匹配到注释信息.比较基因组学分析发现,Stachybotrys具有保守性,核心基因占基因家族总数目的71.44％,S.longispora FG216与S.chlorohalonata IBT 40285的相似性最高;同时,预测得到101个次生代谢产物合成基因簇,其中18个基因簇与已知的化合物相匹配.通过antiSMASH预测,Cluster 57是编码合成FGFC1母核结构异吲哚啉酮的基因簇,与S.chlorohalonata IBT 40285中的基因簇相似度为40％.[结论]海洋稀有真菌S.longispora FG216的基因组信息已上传至国家微生物科学数据中心公开使用,为Stachybotrys种属的研究提供了重要的参考意义,同时发现了S.longisporaFG216次生代谢产物纤溶活性化合物FGFC1母核部分编码基因是Cluster 57.