Asial型口蹄疫病毒第V群猪源和牛源毒株全基因组比较分析

摘要

为了查明Asial型FMDV第V群猪源和牛源毒株的序列差异,采用RT-PCR方法,对Asial型FMDV第V群猪源分离毒株Asial/HN/06的基因组全序列进行了扩增和测序,并与第V群牛源和猪源参考毒株基因组进行比较分析.结果表明,Asial/HN/06毒株全基因组序列长约8236 nt[含38个A的poly(A)尾],其中5'NCR长1116 nt,前导蛋白(L)编码区长603 nt,结构蛋白与非结构蛋白编码区的核苷酸序列为6990 nt,3'NCR长93 nt,3'端是至少含有38个A的poly(A)尾巴.猪源毒株和牛源毒株的全基因比较分析表明,属于第V群,全基因编码区核苷酸和氨基酸的同源性均为98.0%,主要差别是猪源毒株Asial/HN/06在细胞受体结合位点变为RDD和155位置的N变为S或D,该群毒株3A更具有猪源毒株特征,有4个特异性氨基酸变异.明确了Asial型FMDV第V群猪源和牛源毒株的序列差异,为进一步利用反向遗传技术研究猪源和牛源毒株差异位点或基因在病毒表型变异中的作用奠定基础.