胰腺导管腺癌差异基因表达及临床预后分析

摘要

目的 分析胰腺导管腺癌(PDAC)差异基因表达及临床预后.方法 从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中获取基因及微RNA(miRNA)数据集,并采用R 3.6.1分析数据集中的差异表达基因.采用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)对差异基因的基因本体论(GO)富集通路和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路进行分析,使用miRwalk在线数据库预测miRNA靶基因.通过STRING数据库、miRNet网站和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络和miRNA-基因网络.通过Kaplan-Meier plot数据库绘制生存曲线,并使用加利福尼亚大学圣克鲁斯分校Xena数据库构建基因表达分析聚类图.结果 从GEO数据库4个基因数据集获得217个差异基因,2个miRNA数据集获得13个差异表达的miRNA,DAVID数据库中发现217个基因高度富集于8个生物学过程,8个细胞成分通路,5个分子功能通路及4个KEGG通路[伪发现率(FDR)<0.05].连接系数>0.4的基因被用来构建PPI网络,共有167个基因通过分子复合物检测工具分析出10个重要模块.通过miRWalk数据库预测13个miRNA作用于6711个靶基因,将这些miRNA导入miRNet数据库中,发现4种miRNA在胰腺癌中作用于558个靶基因,最终得到了10个miRNA靶基因在PDAC中差异表达并高度富集于生物代谢途径.生存分析结果显示,纤连蛋白Ⅰ(FN1)、血小板反应蛋白2型(THBS2)、Ⅻ型胶原蛋白α-1链(COL12A1)、Ⅵ型胶原蛋白α-3链(COL6A3)和载脂蛋白L1型(APOL1)高表达组患者的生存率较低,而镁依赖性蛋白磷酸酶1δ(PPM1D)高表达组患者的生存率较高(P<0.05).结论 FN1、THBS2、COL12A1、COL6A3、APOL1和PPM1D的表达与PDAC患者的预后显著相关,有望成为潜在的治疗靶点.