基于12SrRNA序列研究龟鳖类的系统进化特征

摘要

为研究龟鳖类的系统进化关系,以期为龟鳖类的保护和合理开发利用提供基础资料,测定了15种龟类线粒体12SrRNA 基因片段的序列.比对后获得一致序列长为433 bp,有191个变异位点,总变异率为43.2%,其中简约信息位点108个.A、T、G、C的平均含量分别为21.46%、34.42%、25.85%和18.27%.A+T含量(55.9%)高于G+C含量(44.2%).在433个核苷酸位点中,有插入/缺失35个,转换为34,颠换为21,转换/颠换比率为1.67.与NCBI上其它一些龟鳖的序列进行比对后,得到414 bp的一致序列,其中236个为变异位点,总变异率为57.00%;简约信息位点181个.A、T、G、C的平均含量分别为35.7%、22.2%、18.1%、24.0%.A+T含量(57.9%)高于G+C含量(42.1%).在414个核苷酸位点中,转换为30,颠换为14,转换/颠换比率为2.12.基于Kimura双参数模型分析龟鳖类种间、属间、科间遗传距离,并用邻接法构建分子系统树.结果显示:7种闭壳龟种间差异在0～0.043,平均为0.022;淡水龟科属间遗传距离为0.007～0.140,平均为0.074;曲颈龟亚目9个科间(不包括平胸龟)遗传距离为0.055～0.197,平均为0.139.由此认为,淡水龟科与陆龟科亲缘关系比龟科更近;不支持将闭壳龟属拆分为闭壳龟属和盒龟属;支持将平胸龟属归为鳄龟科的一个属.