高密度寡核苷酸阵列的数据标准化方法

摘要

针对微阵列数据的标准化方法进行系统阐述,对高密度寡核苷酸阵列(Affymetrix芯片)的两类主要标准化算法:全数据算法和基线算法进行了探讨,同时对其他标准化算法(复合算法、VSN算法、全局loess算法、Invari-ant set算法等)进行了综合的论述和分析.基于标准数据集对前两类标准化算法处理的效果和效率做了对比测试,结果表明,算法在数据变异性的消除方面,对于非差异表达数据,全数据算法可以达到比较优秀的处理结果;对于差异表达数据,Quantile和Non-linear算法比较有效.在算法的耗时方面,Scale算法最优.全面考虑时间效率和标准化处理效果,Quantile算法具有一定的综合优势.