灵芝全基因组SSR标记开发及其种质资源遗传多样性评估

摘要

灵芝是我国传统"九大仙草"之一的名贵中药材,具有调节免疫、 抗肿瘤、 抗病毒、 降血糖、 抗氧化等药理活性.灵芝种类繁多,品质参差不齐,种质资源鉴定以及新品种培育是灵芝育种研究的重要内容之一.简单重复序列标记(SSR)技术可从DNA分子层面对灵芝种质资源进行鉴定和遗传多样性评估,有效避免了环境因素和人为因素的干扰,对推动灵芝产业良性发展具有重要意义.本研究通过分析灵芝全基因组信息,利用MISA软件扫描到4038个SSR位点,共设计出1442对引物,随机合成50对引物并用2个灵芝DNA进行验证,发现其中44对引物为真实SSR引物,占总数的88%.我们利用筛选出的44对SSR引物对11份灵芝种质资源进行遗传多样性评估,结果发现,11份灵芝材料间的遗传距离在0.120~0.962,其中GL-2号和GL-11号、GL-3号和GL-11号灵芝材料间遗传距离最大(0.962),GL-7号和GL-8号灵芝材料间遗传距离最小(0.120).通过聚类分析对11份灵芝材料进行区分,其中野生的菌种及其后代(第3类)可以很好地与栽培菌种及其后代(第1类和第2类)区分,但是相同原始菌种LZ32来源的不同世代家系可划分为2大类,这可能是原始菌种LZ32不纯造成的结果.通过本研究证明灵芝全基因组SSR分子标记技术可用于种质资源鉴定和遗传多样性分析.