广州市登革1型病毒基因组测序及系统进化分析

摘要

目的:对引起2002年广州登革热的登革1型病毒分离株(71/02GZ)进行全基因组测序和系统进化分析.方法:采用C6/36细胞培养71/02GZ,分别采用RT -PCR,5'RACE和3'RACE扩增基因组中编码区序列、5'和3 '末端非编码区序列,PCR产物克隆到载体并测序,拼接成全基因组序列,分别基于 E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10016nt进行系统进化分析.结果:71/02GZ株基因组全长10735 nt,两端非编码区(NCR)长度分别为94 nt和462 nt.基于E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10016 nt的进化分析结果显示71/02GZ株和2002年广州分离株(GZ01/02,GZ/218/2002),1995 年广东分离株(GD23/95,GD01/95)、1995年广州分离株(GZ01/95)组成一个基因型;而1999年广东分离株(GD05/99),1997年广东分离株(GD14/97)和1980年广州分离株(GZ/80)属于另一个基因型;另外,71/02GZ株同1998年印度尼西亚分离株(98901530 DF DV-1-ID)的同源性最高.结论:71/02GZ株可能是印度尼西亚输入的.