系统进化分析

摘要： 谷子在约1万年前由青狗尾草驯化而来,我国是谷子的起源中心.谷子所属的狗尾草属在全世界约有125个种,其中中国有15个种,从二倍体到八倍体均有.目前利用染色体原位杂交技术鉴定出狗尾草属6个基因组,利用分子标记分析发现狗尾草属是多起源的,与其多样性的基因组一致.系统演化分析发现,青狗尾草和谷子亲缘关系最近,其次是法式狗尾草和轮生狗尾草;基因组比较分析发现,S.adhaerans的B基因组和S.grisebachii的C基因组与谷子和青狗尾草的A基因具有相对近的亲缘关系,而其他基因组和谷子亲缘较远.在野生资源的利用方面,谷子育种工作者已成功将近缘野生种自然发生的抗除草剂基因转育到谷子中,培育成功了可化学除草的新品种并在生产上利用.本文对谷子野生种的分类、基因组构成、系统进化关系和遗传育种的研究进展进行了综述,重点讨论了谷子近缘野生种在谷子起源与驯化、遗传育种中起到的作用,并对谷子近缘野生种在谷子驯化及育种中的进一步利用做了展望.

摘要： 组蛋白去乙酰化酶(HDACs)能积极响应多种非生物胁迫,为了解红树植物秋茄(Kandelia candel)和桐花树(Aegiceras corniculatum)HDACs基因是否参与非生物胁迫,对秋茄和桐花树进行了HDACs全基因组鉴定和进化分析。结果表明,秋茄和桐花树中分别鉴定出13和11个HDACs家族成员,分为RPD3/HDA1、SIR2和HD2共3个亚家族,每个亚家族都具有相似的基因结构和保守的结构域。染色体定位分析发现,秋茄和桐花树HDACs进化均以纯化选择为主。启动子分析发现,秋茄和桐花树HDACs具有多种类型顺式作用元件,其中以激素和光响应相关的元件为主。对无规则卷曲占比高达65%的HD2亚家族进行序列比对发现,其序列N端都缺少保守五肽基序(MEFWG)保守区域,且多被酸性或碱性氨基酸包围。表达量分析结果表明,与拟南芥(Arabidopsis thaliana)HD2亚家族聚类紧密的KcHDT2和AcoHDT1基因在根和果实中高表达,而HD2基因多是参与植物调控耐盐、缺氧及抗强光等胁迫过程的基因。综合分析可知,秋茄和桐花树HDACs家族成员在结构及功能上兼具保守性和特异性,HD2亚家族成员在响应非生物胁迫方面具有潜在功能。

摘要： 为调查我国太子参主产区病毒病发生情况,使用RT-PCR法对采自福建省柘荣县,贵州省施秉县、丹寨县和安徽省宣城市的71份具有典型病毒病症状的太子参样品进行检测,并根据CP氨基酸序列对不同地区病毒进行系统进化分析。RT-PCR结果显示,65份样品检出病毒,检出率为91.55%,其中,56份样品检出芜菁花叶病毒Turnip mosaic virus(TuMV),49份样品检出蚕豆萎蔫病毒2号Broad bean wilt virus 2(BBWV2),9份样品检测出黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus(CMV),检出率分别为78.87%、69.01%和12.68%。未检测到烟草花叶病毒Tobacco mosaic virus(TMV)。序列和系统发育进化分析显示,本研究获得的TuMV、BBWV2和CMV与NCBI数据库中的序列相似度较高,核苷酸相似度分别为98.05%~98.98%、93.61%~94.25%和98.02%~99.17%,氨基酸序列相似度分别为:96.14%~97.47%、97.33%~98.50%和98.00%~100%,分别属于World-B组、Ⅰ-a亚组和Ⅱ组。

摘要： 目的了解2020年深圳市冠状病毒HCoV-NL63全基因组序列的遗传特征和变异。方法对HCoV-NL63核酸检测阳性的咽拭子标本进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析。结果获得4株HCoV-NL63全基因组序列,均属于B基因型B2亚型,株间核苷酸(氨基酸)同源性为99.80%~99.98%(99.64%~99.93%),在进化树上处于同一分支,与广州2018年肺炎病人中获得的MK334046.1毒株距离最近。氨基酸变异分析表明结构蛋白中S、M蛋白变异性较大。与B基因型参考株对比发现,S蛋白中发现2处氨基酸位点变异:位于散发疫情毒株S1蛋白NTR区L196F和位于聚集性疫情毒株S2蛋白A946S。N-糖基化位点预测发现S蛋白N-糖基化位点有10个,M蛋白N-糖基化位点有2个。结论本研究中的4株冠状病毒源自广州毒株的可能性大,在一定程度上可为HCoV-NL63防控工作提供生物学溯源依据。

摘要： 为了揭示鸡STAT基因家族的生物学功能,利用在线网站和软件对鸡STAT家族成员进行了鉴定并从理化性质、基因结构、进化关系、染色体定位及二级结构等方面进行了预测和分析。结果表明,鸡STAT基因家族有5个成员,分别命名为ChSTAT1,ChSTAT2,ChSTAT3,ChSTAT4,ChSTAT5A。它们都是酸性、不稳定的亲水蛋白,分布在7,27,33等3条染色体上。根据多物种STAT蛋白进化树分析该基因分为5个亚家族,分别含有1个STAT基因,不同亚家族基因结构、蛋白保守结构域均有差异,分支较近的成员间相似性较强。二级结构预测显示,成员均含有α-螺旋、β-折叠、延伸链和无规则卷曲。鉴定出鸡STAT家族包含5个成员,且成员间结构相对较为保守。

摘要： 目的调查广州市鼠类动物中钩端螺旋体病的流行情况和遗传特征。方法笼捕法捕捉鼠类动物,采集脾组织提取总DNA,通过PCR技术检测钩端螺旋体16S rRNA和LipL32基因,测序后进行系统进化分析。结果采集褐家鼠170只、板齿鼠4只、黄胸鼠3只、黄毛鼠1只和臭鼩鼱22只,共200只鼠类动物,在褐家鼠中检测到钩端螺旋体阳性样本3个,总阳性率1.5%,系统发育分析显示,3份阳性样本序列与致病性问号钩端螺旋体位于进化树上的同一个分支。结论广州地区鼠类动物中存在致病性问号钩端螺旋体,本地人群存在一定的感染风险。

摘要： 为了调查新疆部分地区牛蜱传无浆体和环形泰勒虫情况,本试验采集吐鲁番、阿勒泰和伊犁州共3个地区356份牛全血样品,用PCR方法检测无浆体和环形泰勒虫,用SPSS软件进行数据统计分析,用MAGE 7.0软件进行相应病原靶基因的系统进化分析。PCR结果显示,新疆3个地区蜱传绵羊无浆体、牛无浆体和环形泰勒虫感染率分别为21.9%(78/356)、37.4%(133/356)、41.6%(148/356);SPSS分析结果显示,3个地区3种病原单一感染率不存在显著性差异(P>0.05);测序分析显示,绵羊无浆体、牛无浆体的16S rRNA和环形泰勒虫的Tams 1基因与GenBank中登录的其他地区分离株的同源性分别是98%~100%、96%~99%和95%~98%;遗传进化分析显示,伊犁州和阿勒泰地区的绵羊无浆体遗传距离较近,与吐鲁番地区较远;阿勒泰和吐鲁番地区的牛无浆体、环形泰勒虫的遗传距离较近,与伊犁州地区较远。本试验所获得的新疆部分地区牛蜱传病原感染及分布情况的数据为其有效防控打下坚实的基础。

摘要： 蔗糖非发酵型蛋白激酶2(Sucrose non-fermenting-1-related protein kinase2,SnRK2)是一类具有丝氨酸/苏氨酸特定结构域的蛋白质磷酸化酶,在ABA信号介导和非生物胁迫应答方面起到重要作用。以甜瓜为研究对象,使用生物信息学分析方法,对甜瓜SnRK2基因家族进行鉴定及相关特征分析,包括构建系统发育进化树,以及基因理化性质、基因结构及保守结构域、染色体定位、共线性分析、基因的上游顺式作用元件及转录组数据热图分析等,为甜瓜SnRK2基因的功能分析和研究奠定一定的理论基础。结果表明,在甜瓜基因组中共鉴定出9个SnRK2基因家族成员。主要定位在细胞骨架中,以α-螺旋和不规则卷曲为主,分子质量为31.49~75.02 ku,等电点为4.42~6.21。其可分为3个亚族,分布在4条染色体上。启动子分析结果显示,在甜瓜SnRK2基因的调控序列中有多个植物激素和逆境胁迫相关响应元件。组织表达分析结果表明,有些甜瓜SnRK2基因在不同组织中呈组成型表达,有些基因则具有显著的组织特异性。

摘要： 为了解肌动蛋白actin在轮藻植物生长发育中的潜在功能,本研究利用生物信息学方法对布氏轮藻肌动蛋白基因家族进行了鉴定及表达分析.在布氏轮藻中共鉴定出16个肌动蛋白基因,将其重命名为CbACT1~CbACT16,其氨基酸长度为361~1182 AA,相对分子质量为39 886.71~117 256.72 Da,等电点介于4.68~8.93;亚细胞定位预测显示15个肌动蛋白基因位于细胞质中,1个位于叶绿体中;二级结构结果表明肌动蛋白基因主要以无规则卷曲和α螺旋为主;共线性分析中仅发现一对源自片段重复的旁系同源基因;系统发育结果表明轮藻肌动蛋白基因可以分为两个亚家族,结合基因结构及保守基序分析,同一亚家族倾向于具有相似的外显子分布,较多的共有基序;基于启动子顺势作用元件分析表明,16个肌动蛋白基因参与了许多与生物和非生物胁迫、激素调节和光反应有关的生命活动.组织表达分析显示,16个基因在四种不同组织中存在差异性表达,表明它们在不同组织的生长发育过程中具有不同的功能.因此,轮藻肌动蛋白基因家族可能参与了轮藻植物不同组织的发育过程及响应生物和非生物胁迫等的过程.

摘要： 【目的】分离鉴定浙江省宁波市宁海县甘薯基腐病病原菌,明确其生物学特性,为甘薯基腐病的预防和田间防治提供理论指导。【方法】采用组织分离法对浙江省宁波市宁海县甘薯基腐病病原进行分离,通过柯赫氏法则对病原菌进行验证;通过形态学方法及分子生物学方法鉴定病原菌种类;用菌丝培养法测定分离获得的病原菌菌株在不同培养基及不同温度、pH、氮源和碳源等环境中的生长状态,确定分离菌株的生物学特性。【结果】从甘薯基腐病样品中分离纯化获得1株菌株,标记为RF-NH,通过柯赫氏法则验证为甘薯基腐病致病菌。利用ITS、His3和Cal基因的通用引物对菌株RF-NH DNA进行扩增,获得的基因片段长度分别为579、480和537 bp;系统发育进化树分析显示,菌株RF-NH与Diaporthe batatas聚类在一起;综合形态学和分子生物学鉴定结果,将菌株RF-NH鉴定为甘薯间座壳菌(D.batatas)。病原菌生物学特性测定结果显示,菌株RF-NH在15~35°C内均可生长,最适生长温度为25°C;在pH 4~12内均可生长,最适pH为4;最适培养基是SPDA培养基,最适碳源是糊精,最适氮源是硝酸钠。菌株RF-NH孢子致死温度为50°C处理10 min,菌丝致死温度为49°C处理15 min或50°C处理10 min。【结论】甘薯间座壳菌是导致浙江省宁波市宁海县甘薯基腐病的病原,该菌生长温度范围较窄,偏好25°C,适应的pH范围较宽,偏好酸性环境,最适培养基为SPDA培养基。根据甘薯间座壳菌的生长特性,在田间病害防治中可通过改变栽种环境因素以抑制病原菌的生长,实现对甘薯基腐病的防治。

摘要： 目的:了解一起成人急性胃肠炎暴发流行的病原学。方法：采用逆转录-聚合酶链反应(RT—PCR)检测札如病毒核酸，对PCR产物进行核苷酸序列测定，并进行基因系统进化分析。结果：7份类便样本中4份为札如病毒核酸阳性。四株札如病毒与GI．2型考株核苷酸序列同源性在94.7～98.4％之间。基因进化分析显示，札如病毒深圳株与SapovirusHu/Oshimal/2009/JP、Houston/90(U95644)、Parkville/94/U73124在同一人的进化树遗传分支型上，属于GI．2型。结论：此起成人急性胃肠炎暴发是由札如病毒GI．2型感染所致。

摘要： 对猪源脑心肌炎病毒(EMCV)GXLC株进行全基冈组克隆、测序和分析。采用RT-PCR技术分段扩增基因组开放阅读框(ORF)，应用3’-RACE和5’-RACE技术扩增3’-UTR和5’-UTR，分别对扩增片段进行克隆和测序，经拼接后获得GXLC株全基因组序列，共7 725个核苷酸。与NCBIGenBank上登录的国内外参考毒株进行同源性比较及系统进化分析结果表明，GXLC株与GX0601、GX0602、BJc3、HB1等国内分离株以及CBNU、K3、K11、BEL-2887A、EMCV-R、PV21等国外分离株同源性达99％以上：基于全基因组、结构蛋白及非结构蛋白基因序列绘制的系统进化树拓扑结构图相近，所有EMCV分离株可分成两个群：Ⅰ群和Ⅱ群，Ⅰ群可细分为Ⅰa亚群和Ⅰb亚群，其中猪源EMCV属于Ⅰa或Ⅰb亚群、鼠源EWCV属于Ⅰa亚群、野猪源EMCV属于Ⅱ群，GXLC株与其它中国分离株均属于Ⅰa亚群。

摘要： 为了解广西传染性支气管炎病毒(IBV)的纤突蛋白s1基因高变区Ⅰ(HVRⅠ)和核(N)蛋白基因变异情况及S1和N基因变异间的相关性,本研究应用RT-PCR方法扩增了广西1985-2008年的21株IBV的S1基因HVR Ⅰ和N基因,并进行了克隆、序列测定及分析.结果发现:广西存在着多种基因型IBV流行；广西IBV分离株S1基因存在广泛的点突变和插入现象；N基因序列存在氨基酸替代现象；21株IBV中12株在S1基因HVR Ⅰ和N基因遗传进化树中均归属相同群,其余毒株却归属不同的群.2005年分离的GX-NN5存在基因重组现象.以上结果表明了广西IBV毒株存在基因突变和基因重组现象,S1和N基因的变异不完全平行,有些毒株间的S1和N基因差异很大.

摘要： 无菌采集30份猫血样，进行全血基因组DNA的抽提，用文献报道的方法筛选出感染有猫血巴尔通氏体的样品。挑取两份阳性的DNA样品，用能扩增大多数真细菌16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增，扩增产物经克隆、测序后，获得了大小为1456bp核苷酸序列(登录号为AM745338)。经过序列比对和系统进化分析，发现该序列与Willi公布的猫血巴尔通氏体(DQ825442)的16S rRNA基因序列相似性达到99.7％，按照新的分类体系应称之为"CandidatusMycoplasma haemominuturn"，从而从分子生物学水平证实了此种猫血营养菌在广东省的存在。系统进化分析结果也证实，“附红细胞体属”和“血巴尔通氏体属”的病原在16SrRNA基因上存在高度的相似性，应合归为同一类病原，并称为“血营养菌”。

摘要： 本试验通过构建大额牛(Bos rontalis)瘤胃细菌165 rRNA基因序列文库来研究大额牛瘤胃细菌组成的多样性.试验采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树.试验共获得147个16S rDNA序列,在Gene Bank注册号为:DQ673466～DQ673612.按照97％的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元.有16个序列与已培养茵的序列相似性≥97％,占总序列的10.9％；另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90％～97％,占总序列的15.0％；剩余的109个序列为未培养、鉴定菌,所占比例高达74.1％.系统进化分析显示,大额牛瘤胃细菌主要分布于低G+C含量细菌门(57.1％)和噬纤维茵/屈扰杆菌/拟杆菌门(42.2％),仅有一个序列位于螺旋体门.本试验获得了大额牛瘤胃细菌165 rRNA基因序列,为进一步研究大额牛瘤胃微生态系统组成、其与饲料消化之间的关系以及开发这一珍稀生物资源奠定了一定的基础.

摘要： 基于丰富蓖麻蚕微孢子虫分子生物学信息的目的，用特异性PCR方法扩增克隆了其核糖体基因全序列，全长4314bp。包括核糖体大亚基基因（LSUrRNA）2497bp，内转录间隔区（ITS）188bp，核糖体小亚基基因（SSUrRNA）1232bp，基因间隔区（IGS）282bp和5S区域115bp。研究结果同时表明，蓖麻蚕微孢子虫与家蚕微孢子虫（Nosema bombycis）、斜纹夜蛾微孢子虫（Nosema spodopterae）和柞蚕微孢子虫（Nosema antheraeae）具有相同的核糖体基因排列顺序，即：5’-LSU-ITS-SSU-IGS-5S-3’。经同源性及系统发育分析结果表明，蓖麻蚕微孢子虫与微粒子属（Nosema）模式种N. bombycis有着很近的亲缘关系，进一步从分子生物学的角度上证实蓖麻蚕微孢子虫归属于Nosema属。本研究通过对蓖麻蚕微孢子虫核糖体基因全序列的克隆以及系统发育分析，为蓖麻蚕微孢子虫分类地位的确定、检测诊断技术的建立，以及与其它微孢子虫的亲缘关系等奠定了一定的基础。

摘要： PRRSV欧美型不同分离株ORF5基因编码的囊膜糖蛋白高度变异，美洲型毒株中所观察到的大多数氨基酸替代都集中于靠近N端的高度变异区（26位和39位氨基酸之间），这种变异也包含了NGS从0到3个的变化。对PRRSV同一属的LDV研究表明，糖蛋白相关的主要囊膜蛋白的糖基化水平和不同分离株的致病性具有相关性。为研究近5年我国PRRSV ORF5基因的变异程度及可能与抗原性和致病力相关的基因特征，本研究应用RT-PCR方法对2002～2007年本实验室分离的34株PRRSV分离毒株进行ORF5基因的扩增、测序和分析。结果表明，ORF5基因的高度变异区主要位于信号肽部位和26～39位氨基酸之间，变异主要表现为NGS位置和数量的变化。12株ORF5基因高度变异株在26～39位氨基酸出现了3个NGS，其它11株ORF5基因高度变异株在该部位出现了2个NGS，但其中的10株44位的NGS缺失。因此，我们推测26～39位氨基酸之间NGS的增加或44位NGS的缺失可能是造成病毒毒力增强的原因。系统进化分析显示，38株分离株在系统进化树上形成两个相对独立的亚群，高度变异毒株则全部位于亚群1中，ORF5基因高度变异毒株SH02于2002年在我国上海已经开始出现。同时发现在传统毒株和变异毒株之间存在RNA重组现象，ZJJ07毒株ORF5基因5′端与NH04高度同源，而3′端则与SY0608有高度的同源性。研究表明，PRRSV可以通过基因变异和不同病毒分离株基因之间的重组进行进化。因此，加强PRRSV遗传变异变异监测十分必要。

摘要： S蛋白被认为对PEDV的生物学特性有重要影响。在本研究中，对5株PEDV河南株的S全基因序列进行分析。由于S基因S1区域的N'端有15个核苷酸的插入和6个核苷酸的缺失，因此，5株PEDV河南株的S全基因均比参考株(CV777)多出9个核苷酸。另外，在S1区的N’端存在大量的氨基酸突变，这些突变导致了当前的流行毒株具有超强的变异能力。5株PEDV河南株的氨基酸同源性为97．9-98．9％;与参考株的同源性为92．3-99．4％。遗传进化分析显示，PEDV可以分为3个群，5株河南株均属于第3群，尤其与近年来韩国分离株亲缘关系密切，而与2007年以前中国毒株、日本株(83P-5、MK)以及欧洲株(CV777、Brl／87)亲缘关系较远。

摘要： S蛋白被认为对PEDV的生物学特性有重要影响。在本研究中，对5株PEDV河南株的S全基因序列进行分析。由于S基因S1区域的N'端有15个核苷酸的插入和6个核苷酸的缺失，因此，5株PEDV河南株的S全基因均比参考株(CV777)多出9个核苷酸。另外，在S1区的N’端存在大量的氨基酸突变，这些突变导致了当前的流行毒株具有超强的变异能力。5株PEDV河南株的氨基酸同源性为97．9-98．9％;与参考株的同源性为92．3-99．4％。遗传进化分析显示，PEDV可以分为3个群，5株河南株均属于第3群，尤其与近年来韩国分离株亲缘关系密切，而与2007年以前中国毒株、日本株(83P-5、MK)以及欧洲株(CV777、Brl／87)亲缘关系较远。

摘要： S蛋白被认为对PEDV的生物学特性有重要影响。在本研究中，对5株PEDV河南株的S全基因序列进行分析。由于S基因S1区域的N'端有15个核苷酸的插入和6个核苷酸的缺失，因此，5株PEDV河南株的S全基因均比参考株(CV777)多出9个核苷酸。另外，在S1区的N’端存在大量的氨基酸突变，这些突变导致了当前的流行毒株具有超强的变异能力。5株PEDV河南株的氨基酸同源性为97．9-98．9％;与参考株的同源性为92．3-99．4％。遗传进化分析显示，PEDV可以分为3个群，5株河南株均属于第3群，尤其与近年来韩国分离株亲缘关系密切，而与2007年以前中国毒株、日本株(83P-5、MK)以及欧洲株(CV777、Brl／87)亲缘关系较远。

摘要： 本发明公开了一种蛋白质组过滤进化分类方法及其系统，所述方法包括：原始数据获取步骤，获取所要进行分类的物种的基因组数据和蛋白质组数据(S110)；预测步骤，基于所述基因组数据，预测基因组序列中的横向转移基因(S120)；过滤步骤，基于蛋白质组数据和横向转移基因，在蛋白质组中过滤掉与横向转移基因对应的蛋白质序列(S130)；计算步骤，用过滤后的蛋白质组序列计算物种间进化距离(S140)；以及推断步骤，利用物种间的进化距离推断物种间的系统发生关系(S150)。根据本发明，可以排除在推断生物系统发生过程时存在的由横向基因转移所引起的干扰信息，从而可以使推断出的生物系统发生过程更加准确，为生物进化分类提供更加可靠的分类依据。

摘要： 本发明公开了一种蛋白质组过滤进化分类方法及其系统，所述方法包括：原始数据获取步骤，获取所要进行分类的物种的基因组数据和蛋白质组数据(S110)；预测步骤，基于所述基因组数据，预测基因组序列中的横向转移基因(S120)；过滤步骤，基于蛋白质组数据和横向转移基因，在蛋白质组中过滤掉与横向转移基因对应的蛋白质序列(S130)；计算步骤，用过滤后的蛋白质组序列计算物种间进化距离(S140)；以及推断步骤，利用物种间的进化距离推断物种间的系统发生关系(S150)。根据本发明，可以排除在推断生物系统发生过程时存在的由横向基因转移所引起的干扰信息，从而可以使推断出的生物系统发生过程更加准确，为生物进化分类提供更加可靠的分类依据。

摘要： 本发明涉及一类酶活显著提高的持续性内切葡聚糖酶突变体及其应用。本发明所述突变体包含氨基酸序列的第51位和/或第93位氨基酸突变，所述内切纤维素酶的氨基酸序列如SEQ ID NO：1。本发明采用迭代饱和突变技术，基于进化耦合分析，通过选择具有高耦合强度的氨基酸残基对作为关键突变位点优化持续性内切葡聚糖酶的分子结构、提高酶活。与野生型酶相比，本发明所述持续性内切葡聚糖酶突变体的外切酶和内切酶活性显著增强，对纤维素底物的高效降解和降低生成成本具有重要的意义。

摘要： 本发明公开了一种基于2d‑RAD测序后无参考基因组的群体进化分析方法，通过将样本进行数据拆分后过滤聚类得到群体SNP，并基于样本分组和群体SNP信息进行群体遗传参数分析后构建系统发育树，确定最佳K值后利用所述R自写脚本，根据群体SNP信息和指定的群体信息来寻找两大Group之间的共有和特有SNP信息进行无参考基因组的群体进化分析。本发明的整个数据分析比较自动化，节省了人力成本，提高了分析效率，避免了可能的人为失误且分析的数据图表更加美观。

摘要： 本发明提供一种多基因家族鉴定及进化分析的方法，是针对目标物种以及同源物种的独立分析技术或者联合分析技术，其中独立分析方法包括：蛋白基因家族鉴定、蛋白基因家族结构信息分析、家族基因成员染色体分布分析、预测复制基因事件、Motif分析、蛋白基因家族进化树分析这几个分析过程。联合分析方法包括：蛋白基因家族鉴定、蛋白基因家族进化树分析、Ka/Ks分析、基因选择进化分析、共线性分析这几个分析过程。本发明的方法无需设计引物、进行PCR扩增、构建基因组文库，分析流程成熟，周期短，产出快，分析结果用Pfam和SMART两个数据库进行确认，准确率较高，且对DNA测序数据或蛋白质序列都适用。

摘要： 本发明公开了一种埃博拉病毒GP基因的分子进化分析方法，该方法包括数据准备、分子进化分析、正向选择位点分析和进化速率分析；所述数据准备是从NCBI基因库中获取所有埃博拉病毒的全基因组，通过Perl编程获得各个基因的编码序列。本发明能够通过对不同分型的正向选择位点和进化分析以更好的了解埃博拉病毒在不同地区的进化以及传播特征。

摘要： 本发明设计了一套通用的猪的线粒体全基因组扩增的引物组，采用多引物重叠式方法测定了黑龙江省野猪的线粒体全基因组序列，对其所包括的2个rRNA、22个tRNA和13个蛋白质编码基因以及1个非编码控制区(D-loop区)进行了定位分析；并利用该序列和NCBI上所提交的线粒体基因组序列构建了现有猪科动物的分子进化树。

摘要： 本发明涉及分子生物技术领域，尤其涉及一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物及设计、系统进化分析全序列扩增方法，包括如SEQ ID NO.1~24所示的十二对引物。本发明解决了目前没有能够对多鱗鯔鰕虎魚进行线粒体基因组全序列扩增的问题，具有（1）一次性扩增出其线粒体基因组，通过测序拼接能够快速获得其基因组全序列，便捷高效的优点；（2）提供一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物，省时省力，且节约试剂成本；（3）提供的多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物的系统分析方法为多鱗鯔鰕虎魚群体遗传、种质资源保护和可持续开发利用以及鰕虎魚类的系统发育研究提供了重要的分子手段及数据积累等优点。

摘要： 本发明涉及分子生物技术领域，尤其涉及一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物及设计、系统进化分析全序列扩增方法，包括如SEQ ID NO.1~24所示的十二对引物。本发明解决了目前没有能够对多鱗鯔鰕虎魚进行线粒体基因组全序列扩增的问题，具有（1）一次性扩增出其线粒体基因组，通过测序拼接能够快速获得其基因组全序列，便捷高效的优点；（2）提供一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物，省时省力，且节约试剂成本；（3）提供的多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物的系统分析方法为多鱗鯔鰕虎魚群体遗传、种质资源保护和可持续开发利用以及鰕虎魚类的系统发育研究提供了重要的分子手段及数据积累等优点。

摘要： 本发明涉及一种能够一次性扩增出其线粒体基因组、通过测序拼接能够快速获得其基因组全序列、具有简便、快捷、高效特点的弯斑蛸线粒体基因组全序列引物及设计、系统进化分析和扩增方法，能够一次性扩增出其线粒体基因组，通过测序拼接能够快速获得其基因组全序列，具有便捷高效的优点，所提供的弯斑蛸线粒体基因组全序列引物的系统分析方法为弯斑蛸群体遗传、种质资源保护和可持续开发利用以及蛸科动物乃至整个头足类的系统发育研究提供了重要的分子手段及数据积累。