基于肿瘤突变负荷构建肝细胞癌风险评分预后模型

摘要

目的:通过分析癌症基因组图谱数据库(TCGA)中肿瘤突变负荷(TMB)数据,构建并验证肝细胞癌(HCC)风险评分预后模型。方法:从TCGA数据库下载HCC患者体细胞突变数据、基因表达数据和临床信息。绘制HCC患者基因突变图谱,分析TMB水平与HCC患者预后的关系。利用生物信息学分析筛选预后基因并构建HCC风险评分预后模型,单因素及多因素分析评估模型预测能力。结果:基因突变图谱揭示了HCC患者基因突变特征。Kaplan-Meier分析显示低TMB组HCC患者总体生存率较高(χ^(2)=6.632,P=0.01),且较高的TMB水平与高龄(χ^(2)=10.328,P=0.0017)、男性(χ^(2)=9.384,P=0.0029)和N0分期(χ^(2)=4.723,P=0.03)有关。将所有HCC样本随机分为训练集(n=177)和验证集(n=178),在训练集中,生物信息学方法确定了FABP6、PFKP和PROK13个预后基因并构建HCC风险评分预后模型:风险评分=(0.13208×FABP6表达量)+(0.15383×PFKP表达量)+(-0.18047×PROK1表达量)。将训练集及验证集中样本按风险评分分为高风险组和低分险组,训练集中低风险组HCC患者总体生存率较高(χ^(2)=66.725,P<0.0001),验证集中结果相同(χ^(2)=38.364,P<0.0001)。单因素及多因素分析显示,风险评分(HR=2.016,95%CI:1.356~2.997,P<0.001)、病理分期(HR=1.591,95%CI:1.274~1.987,P<0.001)是HCC独立的预后因素。结论:TMB水平与HCC预后相关,风险评分预后模型具有良好的预后预测能力,是HCC患者的独立预后因素。