红鳍东方纯组织蛋白酶L基因的电子克隆及序列分析

摘要

【目的】采用电子克隆技术克隆红鳍东方纯组织蛋白酶L基因，并应用生物信息学技术分析其推导氨基酸的序列特征，为进一步探索其在免疫功能中的作用奠定基础。【方法】以斑马鱼的组织蛋白酶L核苷酸序YIJ（Y08321．1）为探针，对红鳍东方纯基因组数据库进行BLASTn分析，将检索到的匹配结果进行碱基3’端及5端的适当延长，用DNAssist预测其编码信息；然后从GenBank获取若干物种组织蛋白酶L序列，用DNASTAR软件进行比对。【结果】红鳍东方纯组织蛋白酶【基因全长2005bp，含7个外显子和6个内含子；包含编码336个氨基酸的开放阅读框（1011bp）；其推导的氨基酸序列具有组织蛋白酶L所特有的氨基酸保守结构域（ERwNIN和GNFD）及由Cys25、His159和Asnm残基组成的保守活性位点，与青鲻、鲤鱼的组织蛋白酶【基因具有较高的序列一致性。【结论】红鳍东方纯组织蛋白酶L的一些结构域和催化活性位点在进化过程中比较保守，与鱼类物种来源的组织蛋白酶L在氨基酸水平上一致性较高，在进化上亲缘关系较近。