禽类MC1R基因的生物信息学分析

摘要

控制动物黑色素合成的黑素皮质素1型受体(melanocortin 1 receptor,MC1R)基因被认为是影响禽类羽色的主要候选基因之一.以NCBI数据库上发表的家鸡、日本鹌鹑等17个动物种类(15种禽类)MC1R的mRNA序列及氨基酸序列为基础进行生物信息学分析,包括蛋白质基本理化性质分析、信号肽预测、磷酸化位点预测、跨膜区结构预测、高级结构预测、序列比对及系统树构建.结果表明:17个物种,尤其是15种禽类,MC1R蛋白质理化性质及结构非常相似,它们都属于跨膜蛋白,无信号肽和N端糖基化位点.但它们之间仍存在差别,如等电点、吸光系数、脂溶指数和总平均疏水系数等.三级结构的明显差异,主要表现在跨膜区连接处.由构建的系统树可知,17个物种中15种禽类分属一类,小鼠与斑马鱼明显与之不同.在15种禽类中,9种雁形目动物为一类,5种鸡形目动物为一类,朱鹮单独成为一类.此结果为进一步研究MC1R基因的生物学功能奠定了基础.