口腔鳞状细胞癌患者预后相关基因标志物的生物信息学分析

摘要

目的通过生物信息分析方法筛选口腔鳞状细胞癌与癌旁组织之间的差异表达基因,初步确定潜在生物标志物。方法从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载口腔鳞状细胞癌相关芯片数据集GSE23558、GSE37991、GSE30784,利用GEO在线分析工具筛选差异表达基因,并对其进行基因本体、京都基因与基因组百科全书分析。利用STRING在线数据库,构建差异基因蛋白互作(protein⁃protein interaction,PPI)网络,并通过Cytoscape筛选关键基因。进而使用Kaplan Meier在线软件对差异表达基因进行预后分析,并使用GEPIA(http://gepia.cancer⁃pku.cn/)验证其表达情况。结果共筛选出212个差异表达基因,进一步分析发现16个核心基因,其中与预后相关的核心基因包括:极光激酶A(aurora kinase A,AURKA)、极光激酶B(aurora kinase B,AURKB)、细胞凋亡抑制因子5(baculoviral IAP repeat containing 5,BIRC5)、细胞分裂周期蛋白6(cell division cycle 6,CDC6)、E2F转录因子7(E2F transcription factor 7,E2F7)、泛素样含PHD和环指域蛋白1(ubiquitin⁃like with PHD and ring finger domains 1,UHRF1),这些关键基因与癌旁组织相比在口腔鳞状细胞癌组织呈高表达并且患者生存时间均较短,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论AURKA、AURKB、BIRC5、CDC6、E2F7和UHRF1可作为口腔鳞状细胞癌患者预后潜在的标志物。