CSFV陕西分离株SXCDK全基因的克隆与分析

摘要

【目的】分离猪瘟病毒（CSFV）SXCDK株,测定其全基因组序列,研究其分子特性及与其他毒株的亲缘关系,为猪瘟病毒分子流行病学研究积累材料。【方法】从陕西省西安市采集疑似猪瘟病料进行病毒分离,获得猪瘟病毒SXCDK株。根据GenBank上发表的猪瘟病毒全基因序列及相关参考文献,合成11对引物,应用RT-PCR技术分11段扩增CSFV分离株SXCDK基因,拼接后获得其全基因组（GenBank登录号：GQ923951）。利用DNAstar、ClustalX1.83和Mega 4.1等软件,对分离株SXCDK与其他猪瘟病毒毒株的核苷酸和氨基酸序列进行比较分析。【结果】CSFV陕西分离株SXCDK基因组全长12 296 nt,由373 nt的5′非翻译区、编码3 899个氨基酸的11 697 nt开放阅读框和226 nt的3′非翻译区组成。分离株SXCDK和其他毒株的核苷酸序列同源性为83.6%~96.2%,氨基酸序列的同源性为91.3%~97.8%。从进化的角度来看,分离株SXCDK与台湾分离株96TD的亲缘关系最近,两者之间的进化距离为0.038,分离株SXCDK与2006年陕西省分离株SXYL2006进化距离较远,两者之间的进化距离为0.065。CSFV SXCDK株属于2.1a亚群毒株。【结论】分离株SXCDK是我国内地首株已确定全基因序列的猪瘟病毒2.1a亚群毒株,与同亚群的96TD亲缘关系最近。