云南蓝果树叶绿体基因组密码子偏好性分析

摘要

以云南蓝果树叶绿体基因组为研究对象,采用Codon W 1.4.2等软件,通过分析云南蓝果树叶绿体基因组52个基因密码子的偏好性,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素.结果 表明:1)Codon W和CUSP软件分析显示密码子第3位碱基GC含量为28.40％,ENC值＞45的基因有39个,说明密码子偏好以AT结尾,且存在较弱偏性.2)中性绘图分析显示,GC12与GC3的相关系数为0.161 2,相关性不显著,说明密码子第1、第2位与第3位碱基组成存在显著差异.3)ENC绘图结合ENC比值频率表显示,大部分基因距离标准曲线较远,说明密码子偏好性主要受选择的影响.4)PR2-plot分析显示密码子第3位碱基使用频率方面,T＞A,G＞C,说明密码子偏好性受多重因素影响.5)确定UUG、UCA、GCU、AAU、GAU和GGA为最优密码子.综上所述,云南蓝果树叶绿体基因组密码子的使用主要受选择的影响,受其他如突变等因素的影响较弱.