前列腺癌差异性下调lncRNA的数据挖掘及表达分析

摘要

目的 筛选前列腺癌中差异性下调的lncRNA.方法 从TCGA数据库获取前列腺癌和癌旁组织的基因表达数据;利用R语言中EdgeR程序包筛选前列腺癌中表达下调的lncRNA;分析排名最靠前的lncRNA在前列腺癌不同种族、年龄、Gleason评分的临床样本中的差异表达;GraphPad Prism绘制ROC曲线;KEGG分析获取相关信号转导通路.结果 筛选出前列腺癌组织中显著下调的lncRNA166种,其中EMX2OS排名最靠前;EMX2OS能够区分前列腺癌组织与癌旁组织;不同种族、不同Gleason评分、不同年龄前列腺癌组织EMX2OS的表达与癌旁组织相比显著降低(P＜0.01);Gleason评分为7与Gleason评分为9的前列腺癌组织相比,EMX2OS的表达显著降低(P＜0.05);EMX2OS的相关基因主要富集于cGMP-PKG、血管平滑肌收缩、钙离子等与肿瘤的发生发展密切相关的信号转导途径.结论 筛选出前列腺癌组织显著低表达的lncRNA EMX2OS,有望成为前列腺癌的诊断标志.