基于铁死亡相关的lncRNA的膀胱癌预后模型的构建及分析

摘要

目的基于铁死亡相关的长链非编码RNA(lncRNA)构建膀胱癌预后模型评估患者预后,为膀胱癌患者的治疗提供新靶点。方法从TCGA数据库中下载膀胱癌RNA测序数据及临床数据,从MsigDB数据库下载铁死亡相关的基因集,通过Pearson相关性计算筛选出铁死亡相关的lncRNA;首先对目标lncRNA进行单因素Cox和Lasso回归分析筛选出预后的lncRNA,然后将其纳入多因素Cox风险比例模型,根据预后模型公式计算每个样品的风险值,将患者分成高、低风险两组进行生存差异分析;通过Kaplan-Meier曲线、临床相关受试者接受特征(ROC)曲线、一致性指数(concordance index)及临床数据统计等来评估模型的预测能力;最后对目标lncRNA相关的mRNA进行功能富集。结果①共筛选出1796个铁死亡相关的lncRNA。②通过单因素Cox回归分析、Lasso回归及多因数Cox回归分析共筛选14个具有独立预后意义的lncRNA构建预后模型。③通过预后模型对样本进行生存分析发现高低风险两组明显存在生存差异,1、3、5年的多指标ROC曲线下面积分别为0.785、0.802、0.827,预后模型的C指数为0.751,预后模型风险评分可以独立于其他临床性状作为独立预后因子,并且风险评分随着分期而增加。结论14种铁死亡相关的lncRNA及其特征可能是膀胱癌预后的分子生物标志物和治疗靶点。