新型冠状病毒3C样蛋白酶结构和功能特征分析

摘要

采用生物信息学方法分析新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)3C样蛋白酶(3-chymotrypsin-like protease,3CLpro)的理化性质、结构与功能,为抗SARS-CoV-2药物研发提供参考.通过ProtParam、ProtScale、Bioedit服务器对3CLpro进行一级结构如氨基酸理化性质、疏水性的预测分析;COILS Server、SignalP、TMPred、TargetP Server、NetPhos Server、NetNGlyc Server服务器对3CLpro结构进行如卷曲螺旋区、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点的预测分析;SOPMA、SWISS-MODEL服务器对3CLpro进行二级结构、三级结构的预测分析;IEBD对3CLpro进行B细胞表位的预测分析.3CLpro由306个氨基酸组成,其中亮氨酸占比最高,分子质量为33796.64,理论等电点值为5.95,半衰期为1.9 h,脂肪系数为82.12;亲水性较高,不具有卷曲螺旋区与信号肽特点,含一个跨膜区;具有4个磷酸化位点,2个糖基化修饰点;二级结构中无规则卷曲占据主导地位,三级结构能与已知的6y2g.1(SMTL ID)模型同源建模;存在4个潜在的B细胞表位,位于92～101位的氨基酸区域应答频率最高.利用生物信息学技术分析3CLpro的结构和功能特征,可为新型冠状肺炎药物的研发提供参考.