IFITM1克隆测序及生物信息学分析

摘要

目的 研究干扰素诱导的跨膜蛋白-1基因(interferon induced transmembrane protein 1.IFITM1)克隆、测序,对序列进行分析,并获取生物学信息.方法 以IFITM1的cDNA为模板,用Pfu酶做PCR扩增,在EcoRⅠ和Hind Ⅲ双酶切后,将IFITM1的cDNA片段克隆到pUCm-T质粒,对重组的pUCm-T-IFITM1测序后,采用All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB Sequences Database 和 Simple Modular Architecture Research Tool (SMART)对IFITM1的cDNA进行生物信息学分析. 结果扩增后,含有IFITM1基因cDNA的PCR产物约1000 bp,IFITM1的 cDNA成功克隆到pUCm-T质粒并进行测序.序列分析结果显示,IFITM1结构cDNA全长683bp, 有2个外显子.IFITM1的 mRNA编码的氨基酸在37～57和87～107有2个跨膜区,编码125个氨基酸的多肽,其蛋白相对分子质量为14kDa.结论 IFITM1基因的成功扩增、克隆、测序,获取了IFITM1基因的cDNA、mRNA以及编码蛋白质氨基酸的生物学信息,有利于研究IFITM1基因与大肠癌的关系.