大型溞(Daphnia magna)线粒体基因组的测定与序列分析

摘要

利用Long-PCR及普通PCR技术,结台引物步移法测序,经拼接、组装后获得中国淮河大型溞(Daphnia magna)线粒体基因组全序列,并对其基因组成、结构特点等进行初步分析.大型溞线粒体基因组全长为14948 bp,A、T、G、C各碱基含量分别为32.37％、34.73％、15.58％、17.31％,表现出明显的AT偏倚.13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个D-loop区(控制区)的排列方式与典型的节肢动物线粒体基因组的排列方式略有不同.除COI基因以CTG、ATP8基因以GTG、ND3基因以ATC以及ND6基因以ATT为起始密码子以外,其余9个蛋白质编码基因均以ATG作为起始密码子;9个蛋白质编码基因具有典型的完全终止子TAG或TAA,COI、COII、ND4和ND5等基因采用不完全终止密码子T.基因组包含9个基因间隔区,共81 bp,长度1～62 bp;13个基因重叠区,共77 bp,重叠碱基数在1～27 bp之间,最大重叠在16S rRNA和tRNAVal基因之间.在预测的22个tRNA基因的二级结构中,发现只有tRNASer1基因未能形成完整的二级结构,其他21个基因均可形成典型的三叶草结构.16S rRNA和12S rRNA基因长度分别为1373 bp和752 bp,D-loop区全长289 bp.本研究结果为探讨大型溞在溞属中的系统学地位及其与其他种间的系统发生关系等问题提供了数据资源.