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木耳emg1基因克隆与生物信息学分析

     

摘要

PCR products Aa-2 were amplified with degenerate primers designed according to the cDNA sequences of Auricularia nigricans and Auricularia delicata with the length of 1 075 bp.The E value of Aa-2 is 0 by blastn with A.delicata genome sequence of JGI databank and 1.82e-112 by blastx with Auricularia delicata emg 1 gene of JGI databank.775 bp are identical between the Aa-2 sequence and the Auricularia auricularia-judae emg1 gene,among which the genome was sequenced by our lab.The homology of part Aa-2 fragments to emg1 cDNA fragments of Sporisorium reilianum is 91% by blastn.The E value of Aa-2 fragments is 2.66e-43 compared with the emg1 superfamily protein sequence.The Aa-2 fragment was preliminarily identified as emg1 CDS.%以毛木耳和皱木耳的cDNA序列为模板设计简并引物并进行扩增,获得1条长度为1075 bp的序列Aa-2;与JGI数据库中皱木耳基因组Blastn比对E值为0;与编码emg1的氨基酸序列Blastx同源性比对的E值高达1.82e-112.与木耳全基因组序列中注释为emg1的核酸序列有775 bp的序列完全一致.经GenBank数据库Blastn同源比对,与玉米丝黑穗菌emg1蛋白cDNA的部分序列相似性达91%.经GenBank中Conserved domains搜索,Aa-2序列与emg1蛋白超家族序列同源比对的E值达2.66e-43,初步判定Aa-2的部分序列为emg1蛋白的编码序列.

著录项

  • 来源
    《吉林农业大学学报》|2013年第4期|416-419|共4页
  • 作者单位

    吉林农业大学园艺学院,长春130118;

    吉林农业大学食药用菌教育部工程研究中心,长春130118;

    吉林农业大学园艺学院,长春130118;

    吉林农业大学食药用菌教育部工程研究中心,长春130118;

    吉林农业大学园艺学院,长春130118;

    吉林农业大学食药用菌教育部工程研究中心,长春130118;

    吉林农业大学园艺学院,长春130118;

    吉林农业大学食药用菌教育部工程研究中心,长春130118;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 木耳(云耳、黑木耳);转化及克隆;
  • 关键词

    木耳; emg1; 基因克隆;

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