甘薯近缘种三浅裂野牵牛核基因组密码子分析

摘要

三浅裂野牵牛(Ipomoea trifida)是甘薯的亲缘关系较近野生种之一.分析了三浅裂野牵牛的32 264个具有完整编码框的核基因组基因,长度为165~15 273个核苷酸.根据基因在根、茎、叶中的表达量,选择1 382个低表达基因和1 644个高表达基因.利用CodonW软件分析发现,总基因的密码子有效数(ENC)为53.04,低表达基因的为52.80,高表达基因的为52.01.在总基因、低表达基因和高表达基因中分别发现了3个、9个和5个高频密码子.对低、高表达基因密码子的偏好性分析发现,高表达基因的进化速度低于低表达基因的.研究丰富了植物基因密码子理论,为转基因研究中密码子的优化提供了依据.