利用16S rRNA基因克隆文库技术分析德昌水牛瘤胃产甲烷菌的多样性

摘要

选取3头5岁左右的健康雌性德昌水牛作为试验动物,采用机械破壁法提取瘤胃内容物总DNA,用产甲烷菌特异性引物Met86F/Met1340R扩增16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,分析德昌水牛瘤胃产甲烷菌区系组成。结果表明：试验共获得99个16S rRNA基因序列,RDP分析表明94.2%的序列为甲烷短杆菌属（Methanobrevibacter）16S rRNA序列,按照97%的相似性划分为19个分类操作单元,其中96个序列（17个OTUs）占总序列的97.0%,与已知细菌的16S rRNA序列的相似性≥97%；3个序列（2个OTUs）占总序列的3.0%,与已知细菌16S rRNA序列的相似性为90%～97%；系统发育树分析表明,SGMT簇序列和RO簇序列所占总序列的比例分别为75.8%、1.0%,部分序列与Methanobrevibacter中任何已知相似序列都相隔较远,它们可能代表Methanobrevibacter中新的种。以上结果表明,德昌水牛瘤胃产甲烷菌以Methanobrevibacter产甲烷菌为优势菌群,其中有许多未培养的产甲烷菌需进一步分离培养,并对其功能进行分析。