基于ASFV EP402R编码蛋白CD2v的生物信息学分析

摘要

为深入了解非洲猪瘟病毒(ASFV)的EP402R编码蛋白CD2v结构与功能的关系和病毒-宿主作用机制,本研究通过在线工具对Pig/HLJ/2018中国分离株CD2v蛋白进行了遗传进化和生物信息学分析。结果显示:Pig/HLJ/2018株与格鲁吉亚Georgia 2007、Georgia 2008以及其他中国毒株处于同一分支,基因型同为Ⅱ型;同一基因型CD2v蛋白氨基酸序列一致性高达100%,不同基因型间蛋白氨基酸序列表现出差异,氨基酸一致性在76.8%~81.7%之间;该CD2v蛋白表达的蛋白大小为41.00889 kD;蛋白结构主要以无规卷曲为主;存在信号肽和跨膜区;存在4个优势B细胞表位和5个T细胞表位。结果表明:当前中国流行株为基因Ⅱ型;CD2v蛋白在ASFV入侵机体、免疫逃逸等过程中扮演重要角色,为ASFV的深入研究和ASF的防治奠定了基础。