基于3个微血管侵犯相关lncRNA的肝细胞癌预后模型的构建

摘要

目的:构建与肝细胞癌(HCC)微血管侵犯(MVI)相关的长链非编码RNA(lncRNA)预后风险模型,筛选关键MVImRNA。方法:基于TCGA-LIHC数据库获得转录组数据,提取MVI-mRNA,通过相关性分析和单因素Cox分析获得预后相关的MVI-lncRNA,多因素Cox分析筛选变量构建相关风险模型。采用Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox分析、受试者工作特征(ROC)曲线及主成分分析(PCA)对风险模型进行评估。按照高、低风险分组对34个HCC-MVI-mRNA进行差异分析,并进行GO、KEGG富集分析。采用RNA-seq和RT-qPCR验证HCC患者癌组织和癌旁组织中MVI-mRNA。结果:共鉴定了9种预后相关的MVI-lncRNA,通过3个MVI高度相关lncRNA:AC129492.1、NRAV、AC099850.3构建了具有预后价值的MVI-lncRNA风险模型。高风险组总生存期(OS)短于低风险组(P<0.05)。ROC结果表明风险评分(AUC=0.819,95%CI:1.576~2.250)比临床因素更准确地预测患者的生存。按高、低风险分组对MVI-mRNA进行差异表达分析,筛选出18个关键差异表达基因(DEG),GO、KEGG富集分析显示,HCC的MVI主要与小分子分解代谢和核苷酸的代谢通路相关。AASS和GLYAT在HCC中显著低表达,TYMS高表达(P<0.05)。结论:本研究建立的MVI-lncRNA模型可用于预测HCC预后,MVI相关基因TYMS、AASS和GLYAT在HCC组织中差异表达。