基于转录组测序的方斑东风螺单核苷酸多态性位点挖掘及功能注释

摘要

[目次]了解方斑东风螺中响应LPS刺激的SNP位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能.[方法]使用SOAPsnp软件分析不同时间条件下转录组数据中的SNP位点,使用GO、COG和KEGG数据库进行功能注释.[结果]转录组数据中共挖掘到673782个SNP位点,分布在110869条SNP-unigenes序列上.SNP类型分析表明,转换位点发生的频率远高于颠换位点,且6种单碱基变异类型中以A/G转换发生概率最大.有5866条SNP-unigenes富集到298个KEGG子集中,其中以"内吞作用"子集中富集的SNP-Unigenes最多,共富集182条.