汉滩病毒西安分离84FLi的M片段全基因序列测定及分析

摘要

目的测定我国肾综合征出血热患者流产胎儿肝脏分离病毒84FLi株的全M片段基因序列,了解其分子基础. 方法采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR),分节段扩增M基因片段的cDNA,直接用PCR产物或克隆入pMD18-T载体后进行测序. 结果 84FLi株的全M基因序列组成为:M片段基因共由3616个核苷酸组成,四种核苷酸的比例分别为A 30.92%, C 18.03%, G 21.18%, T 29.87%. GC含量为39.21%, AT含量为60.79%. 最大开放读码框为41～3448,共编码1135个氨基酸. 核苷酸序列同源性分析表明84FLi株与HTN型同源性高于与其他型汉坦病毒的同源性,其中与中国株的同源性较高,与HV114株的同源性为85.5%. 与HTNV的国际标准毒株76-118的核苷酸同源性分别为84.0%,氨基酸的同源性为96.0%. 结论 84FLi株属于汉滩型病毒,并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高.