G.oxydans WSH-003能够高效地将D-山梨醇氧化为L-山梨糖,是工业VC生产的重要菌株.全基因组测序显示,该菌中存在3种不同的D-山梨醇脱氢酶基因簇(sldh),但这3种基因簇在菌株氧化D-山梨醇过程中的表达情况还未确定.WYLY HX,首先利用BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)软件在线比对,确定了3种酶,分别为一种FAD (flavin adenine dinucleotide)辅酶依赖的山梨醇脱氢酶(FAD-SLDH)和两种不同的PQQ (pyrroloquinoline quinone)依赖的山梨醇脱氢酶(PQQ-SLDH).然后,利用新一代高通量转录组测序技术,对发酵过程5个时期(4、8、12、20 h和40 h)的菌体分别进行转录组测序(RNA-Seq).结果表明,基因座位为O1G_RS0104395/O1G_RS0104400的sldA B2基因在5个时期的转录水平FPKM (Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped reads)值均很低,而基因座位为O1G_RS0105425/O1G_ RS0105430的sldA B1和基因座位为O1G_RS0106820/O1G_RS0106825 /O1G_RS0106830的sldSLC基因的FPKM值较高,且都随着D-山梨醇的快速氧化而逐渐增大.研究结果表明,sldAB1和sldSLC基因为氧化葡萄糖酸杆菌WSH-003中主要表达的D-山梨醇脱氢酶基因.本研究成果为菌株中D-山梨醇脱氢酶的后续研发提供了方向.
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