鳜pep和gh基因SNP标记与驯食性状的关联分析

摘要

以鳜（Siniperca chuatsi）选育群体为实验材料,在易驯食与不易驯食鳜转录组Unigene数据库中共预测到4809个SNP位点,其中胃蛋白酶基因（pepsinoge, pep）和生长激素基因（growth hormone, gh）均为转录组筛选获得的鳜驯食性状候选基因,本研究将候选基因上的多态SNP位点在易驯食和不易驯食鳜群体中进行基因分型,并与鳜驯食性状进行关联分析。在易驯食与不易驯食的鳜群体中共发现5个单核苷酸（SNP）多态性位点,有效等位基因（Ne）在1.1959～1.7001,观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别分布于0.1800～0.3585和0.1655～0.4160,多态信息含量（PIC）为0.2477,全部位点都属于中度多态性位点。结果表明SNP位点pep-A T/C中2种基因型TT和CT与鳜驯食性状呈高水平显著相关（P＜0.05）,组合得到的3种基因型Genotype1（CT,CC/CT/TT,AA,AA,TT）、Genotype2（TT,CC/CT/TT, AA, AA, TT）和Genotype3（TT, CC, AA, AA, TT）也与鳜驯食性状呈高水平显著相关（P＜0.05）,显著影响鳜驯食性状表型,其中Genotype2相关性最高,可作为最优基因型个体进行选育。本研究在鳜pep和gh基因中鉴定出与驯食性状呈显著关联的SNP分子标记,为加快易驯食鳜新品种的基因辅助选育提供有效的SNP分子标记。