团头鲂微卫星标记的快速制备

摘要

采用磁珠富集法与放射性杂交相结合开发团头鲂(Megalobrama amblycephala)基因组微卫星资源.以团头鲂基因组DNA为材料,经Sau 3AⅠ限制性内切酶消化后,选取400～900 bp的片段进行PCR全基因组扩增,并利用生物素标记的(CA)15探针进行微卫星片段的富集.将得到的片段与T载体连接后转入DH5a大肠杆菌中,然后利用γ-32P标记的放射性同位素探针进行第二轮杂交.结果表明,共获得微卫星基因组文库2 000个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为50%;杂交后得到的阳性克隆为230个,占11.5%.从得到的230个阳性克隆中挑出120个进行测序,有94个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列,其中46个(48.94%)有随机侧翼区,可以设计引物;14个缺乏足够的侧翼序列.在得到的微卫星序列中,重复单元除CA/GT外,还观察到CT、AG、CG、CAA、CTCA等重复单元.在单一型标记中,完美型占53.15%,非完美型为37.84%;混合型标记占9.01%.另外,微卫星重复次数主要集中在5～30次,占75.68%.本研究旨在对团头鲂基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为团头鲂养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等奠定基础.