基于中值的JS散度可变剪接差异分析研究

摘要

可变剪接是一种广泛存在于生物体中造成蛋白质多样性的重要机制,它对细胞的增殖、分化、发育、凋亡等一系列重要的生物过程具有重要精细调控的作用.近年来,人们发现多种复杂疾病的产生往往伴随着剪接异构体的紊乱表达.为了研究剪接异构体在整体分布上的差异,该文提出一种基于中值的JS散度可变剪接(AS)差异分析方法.结果表明,该文的方法能够发现大量在剪接异构体整体分布上具有显著差异的基因.这些基因不仅富集在一些癌症密切相关的通路,而且也富集在一些基于可变剪接调控的信号通路、细胞分裂过程和蛋白质功能等通路.此外,与基因层次的差异分析相比,可变剪接显著差异的基因在生存分析方面也具有更好的性能.总之,该文提出基于中值的JS散度可变剪接差异分析方法,将为进一步揭示可变剪接在癌症中的机制奠定基础.