非编码RNA生物学预测软件的开发与应用研究进展

摘要

非编码RNA是一类不具有编码能力的RNA分子,在基因调控网络中占据着重要的研究地位,是表观遗传学中重要的一环.非编码RNA的预测软件是基于RNA-seq数据在转录组层面对非编码RNA进行鉴定和注释分析的重要工具,其预测性能直接关系着后续研究的准确性.其中,针对线性的miRNA、lncRNA和piRNA的预测软件均可分为基于传统的方法和机器学习的方法;然而,对于具有环状结构的circRNA来说,其预测算法则主要分为读长比对、k-mer和(或)德布莱英图(de Bruij n graph)的方法.该文通过综述4大主要调节性ncRNA的基本结构、生物合成过程及其预测软件的研究进展,以期望能够对非编码RNA的高通量测序数据分析提供参考.