3种不同羽色鸡MC1R基因SNPs鉴定及羽色相关性分析

摘要

为了深入挖掘与鸡羽色形成密切相关的SNPs位点,以略阳黑羽乌鸡、青脚麻鸡和丝羽乌鸡为研究对象,对3个品种70个样本的MC1R基因序列进行序列比对,分析序列变异导致的MC1R氨基酸变异、蛋白质结构和性质的变化,进行SNPs与羽色的相关性分析.结果 表明:3个鸡种MC1R基因CDS区大小没有差异,均为945 bp,但品种间DNA序列存在序列变异,共检测到8个SNPs位点,其中4个SNPs位点引起错义突变.212(T/C)、398(T/C)、637(T/C)和644(A/C),且与鸡羽色极显著相关(P＜0.001).基于SNPs造成的氨基酸序列变异,以红原鸡MC1R氨基酸序列为参考,将其定义为Ⅰ型,在略阳黑羽乌鸡、青脚麻鸡和丝羽乌鸡发现了Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型和Ⅴ型4种MC1R类型,并对4种类型的理化性质、二级结构和三级结构进行比较分析,发现不同类型的氨基酸差异位点均不在跨膜区上,α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲比例均存在差异,蛋白质三级结构也存在一定变化.研究表明,在3个不同羽色鸡种上检测到的8个SNPs中,有4个导致MC1R蛋白理化性质和结构的变化,进而影响MC1R蛋白功能.