探究MC1R基因在江西地方鸡中的变异、单倍型及其对羽色的影响

摘要

[目的]羽色不仅是家鸡的重要外观特征,因其影响优质活禽上市时消费者的选择,进而还具有重要的经济意义.本研究旨在探究黑素皮质激素受体1(MC1R)基因在江西地方鸡种中的变异及其对羽色的影响.[方法]采用PCR产物直接测序法,对MC1R基因在333个源自东乡绿壳蛋鸡、余干乌骨鸡、南城黑鸡、安义瓦灰鸡、白耳黄鸡、宁都黄鸡、康乐黄鸡、丝羽乌骨鸡、崇仁麻鸡和修水黄羽乌鸡的个体的变异位点进行鉴别,随后利用PHASE软件构建上述变异位点在各鸡群体中的单倍型并分析其与羽色的关系.[结果]共检测到MC1R基因变异位点15个,包括10个错义突变位点、4个同义突变位点和1个缺失突变位点,其中c.366C>G(p.122Ile>Met)和c.547_549delAAC(p.183delAsn)为新发现的变异位点;共检测到31种单倍型(H0-H30),其中6种为新单倍型(H11、H14、H15、H16、H17和H27)并只出现于黄羽和白羽个体中.黑羽个体(东乡绿壳蛋鸡、余干乌骨鸡和南城黑鸡)均含有单倍型H4或H2,二者共同含有c.212T>C(p.71Met>Thr)和c.274G>A(p.92Glu>Lys)位点,其中东乡绿壳蛋鸡仅具有H4一种单倍型.灰羽个体(安义瓦灰鸡)均携带H4或H5单倍型且H5比前者多含有c.636G>A和c.637T>C(p.213Cys>Arg)2个变异位点.此外,单倍型H7比H4多含有c.644A>C(p.215His>Pro)位点,其中黑羽个体中未发现有CC突变型.黄羽群体(白耳黄鸡、宁都黄鸡、康乐黄鸡和修水黄羽乌鸡)的优势单倍型主要为H24和H25.白羽群体(丝羽乌骨鸡)的优势单倍型为H7和H15.[结论]MC1R基因在江西地方鸡种中变异丰富,c.212T>C(p.71Met>Thr)、c.274G>A(p.92Glu>Lys)和c.644A>C(p.215His>Pro)位点与江西地方鸡黑羽形成相关,可将其作为中国地方鸡黑羽性状选育的特异性分子标记;H5单倍型的c.637T>C(p.213Cys>Arg)位点可能与安义瓦灰鸡"灰羽"的形成有关.