肝癌ceRNA调控网络的分析研究

摘要

目的:通过对TCGA数据库中肝癌和癌旁组织lncRNA、miRNA和mRNA进行差异表达分析,研究lncRNA、miRNA和mRNA对肝癌发生发展的影响.方法:用得到差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA构建肝癌ceRNA调控网,明确肝癌中lncRNA、miRNA和mRNA之间相互作用的关系及其对肝癌发生发展的影响;为了进一步明确ceRNA调控网对肝癌疾病的作用,对ceRNA调控网中的mRNA进行GO注释分析、KEGG通路分析和蛋白互作分析.结果:发现调控网中的mRNA在肿瘤MiRNAs、细胞周期、膀胱癌、黑色素瘤、小细胞肺癌、胰腺癌、前列腺癌、结肠癌、P53信号通路、PI3K-Akt信号通路、TGF-β3信号通路等18个KEGG信号通路中明显富集(校正后的P＜0.01),通过对肝癌ceRNA调控网中的lncRNA、miRNA和mRNA进行Kaplan-Meier曲线分析,筛选与肝癌预后有明显相关性的lncRNA、miRNA和mRNA.结论:lncRNA LOC107985899影响miRNA-137的表达,从而调控mRNA MITF的表达;lncRNA C2orf48、C10orf91、LINC00114影响miRNA-204的表达,从而调控mRNA ITPR1、BCL2、AP1S2、TGFBR2、SLC43A1、PRLR、ZCCHC24、ANGPTL2、CHRDL1的表达;lncRNA LOC 107985899影响miRNA-222的表达,从而调控mRNAESR1、TIMP3、ZEB2、GALNT3的表达.