基于生物信息学筛选影响前列腺癌预后的脂代谢基因

摘要

目的通过生物信息学筛选影响前列腺癌预后显著的脂质代谢基因。方法从TCGA数据库下载前列腺癌的临床资料及mRNA测序数据;利用R语言筛选正常组与前列腺癌组的差异基因,利用KEGG数据库检索脂质代谢基因,并筛选出差异表达的脂质代谢基因。结合患者的生存状态、生存时间与筛选的差异代谢基因的表达量,利用uniCOX函数筛选与前列腺癌预后密切相关的脂代谢基因。根据上述基因表达量的中位数,把患者分为高低风险组行生存分析。利用GSEA软件对关键基因进行富集分析。结果共筛选出1973个差异基因,其中包括83个差异的脂质代谢基因,使用uniCOX分析预后,共发现5个促癌脂质代谢基因,包括:CPT1B,AKR1C4,AKR1C2,UGT1A10,CYP4F3。对这5个基因进行生存分析,发现肉毒碱棕榈酰基转移酶1B(CPT1B)与前列腺癌的生存显著相关。通过富集分析发现,CPT1B与亚油酸、α亚麻酸代谢呈显著正相关,与WNT信号通路呈显著负相关。结论CPT1B高表达与前列腺癌的预后不良显著相关。