不同保存方式对生物大分子物质及微生物菌群的影响

摘要

目的:对比不同保存方式在不同时间点对生物大分子物质及微生物菌群的影响,了解不同保存方式、储存时间与其样本稳定性的关系.方法:组织样本取自中南大学湘雅三医院行胃癌根治术的患者,粪便样本均来自志愿者.将组织样本置于-80℃冰箱(-80℃冰箱组)和液氮罐(液氮罐组)保存;粪便样本根据保存方式分为-80℃冰箱组、液氮罐组、-80℃冰箱+无水乙醇组、液氮罐+无水乙醇组、室温+无水乙醇组.在0个月(新鲜样本),3,6,9和12个月5个时间点检测上述各组相应指标,并判断样本保存的稳定性.结果:组织样本液氮罐组保存12个月后与新鲜样本对比,其蛋白浓度及RNA的吸光度值均无明显变化(均P>0.05);组织样本-80℃冰箱组保存12个月后蛋白浓度降低(P<0.05);而RNA的吸光度值在第9个月和12个月均出现升高(均P>0.05).粪便样本的微生物菌群在门水平上,室温+无水乙醇组随着时间延长菌群变化显著,拟杆菌门、梭杆菌门和变形菌门丰度明显下降,而厚壁菌门丰度明显升高.在科水平上,室温+无水乙醇组拟杆菌科、毛螺菌科及韦荣球菌科丰度较新鲜样本下降,瘤胃菌科丰度较新鲜样本升高;深低温保存的4个实验组(-80℃冰箱组、液氮罐组、-80℃冰箱+无水乙醇组、液氮罐+无水乙醇组)中,肠杆菌科丰度均较新鲜样本升高.Alpha和Beta多样性分析提示:室温+无水乙醇组样本的物种多样性、丰度和菌群结构均与新鲜样本及其他实验组存在差异.结论:液氮罐保存的组织样本蛋白浓度、RNA纯度均较为稳定;-80℃冰箱保持半年期的组织样本蛋白浓度、RNA纯度均较为稳定;-80℃冰箱和液氮罐低温保存均可保持粪便标本的微生物菌群稳定;室温+无水乙醇不适用于长期保存粪便样本.