抽筒竹叶绿体基因组的密码子偏好性分析

摘要

cqvip:以抽筒竹叶绿体全基因组序列为材料进行了密码子偏好性分析,结果表明:1)抽筒竹叶绿体基因组密码子偏性较弱,有效密码子数(Effective number of codon,ENC)在38.85~61之间,平均值为49.66;2)密码子第1和第3位的GC含量一定程度上有相似性,GC1和GC2、GC3呈显著相关,而第2位GC含量和其它两位差异较大;3)密码子偏爱以A或U结尾,RSCU值大于1.00的密码子31个,其中16个第3位碱基为U、11个以A结尾、1个以G结尾;4)GC12与GC3相关性较弱,回归系数为0.357 63;5)密码子偏好性更多受到选择的影响,代表基因多数落在标准曲线的下方。