基于SLAF-seq技术开发蓝圆鲹微卫星标记及跨物种扩增检测

摘要

采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术开发蓝圆鲹（Decapterus maruadsi）微卫星标记,从获得的1 450个四至六碱基重复微卫星位点中随机挑选93个位点进行引物合成和多态性检测,最终开发出31个多态性微卫星标记.群体遗传学检测结果表明,31个位点的等位基因数为4~29（均值13.48）,观测杂合度（Ho）为0.281~0.875（均值0.650）,期望杂合度（He）为0.557~0.958（均值0.838）,多态信息含量值（PIC）为0.456~0.939（均值0.803）,表明所开发的31个微卫星位点均具有较高的多态性.Hardy-Weinberg平衡检测表明,17个位点符合HWE（＂哈迪-温伯格＂平衡）,且各位点间不存在连锁不平衡现象.跨物种扩增结果显示,分别有27、20、20、18、9个微卫星标记在颌圆鲹（Decapterus macarellus）、长身圆鲹（Decapterus macrosoma）、无斑圆鲹（Decapterus kurroides）、竹荚鱼（Trachurus japonicus）及金带细鲹（Selaroides leptolepis）中具有较好的通用性.本研究开发的多态性长碱基重复微卫星标记可为蓝圆鲹渔业资源的科学管理和保护提供有力的遗传学评估手段,亦可为圆鲹属和鲹科鱼类系统进化研究提供新的分析手段.